Emmanuel Kabengele Mpinga obtient une maîtrise en administration et gestion des institutions sanitaires en République démocratique du Congo (RDC) en 1993. Entre 1988 et 1997, il est responsable de la planification et de l’évaluation des soins de santé primaires pour le ministère de la santé de la RDC et secrétaire général du Comité pour la démocratie et les droits de l’homme (CDDH). À son arrivée en Suisse, Emmanuel Kabengele Mpinga se spécialise en droits économiques, sociaux et culturels au Collège universitaire Henry Dunant. En 2002, il obtient un master en santé publique de l’UNIGE puis, en 2007, un doctorat en politiques et systèmes de santé à l’Institut universitaire Kurt Bösch de Sion.
Emmanuel Kabengele Mpinga est membre de l’Institut de médecine sociale et préventive (IMSP), devenu depuis l’Institut de santé globale, rattaché au Département de santé et médecine communautaire de la Faculté de médecine depuis 2002. Nommé professeur assistant en 2008 à la Swiss School of Public Health ainsi qu’à la Faculté de médecine de l’UNIGE, il devient professeur associé en 2013. Il prend sa retraite facultaire en septembre 2025.

Spécialiste de l’épistémologie de la santé et des droits humains, Emmanuel Kabengele Mpinga est également expert auprès du Département des affaires politiques des Nations Unies, d’agences intergouvernementales et d’ONGs internationales dans les domaines de la recherche et de la consolidation de la paix, de la santé publique et des droits humains. Il est membre de nombreuses sociétés savantes et participe à des comités de lecture pour le compte de plusieurs revues internationales.