Christoph Nissen étudie la médecine à Fribourg-en-Brisgau, à Paris et à Berlin, puis se spécialise en psychiatrie et psychothérapie à l’Hôpital universitaire de Fribourg-en-Brisgau. Il obtient un doctorat en 2001, puis effectue un séjour post-doctoral à l’Université de Pittsburgh de 2005 à 2006.  De retour en Allemagne, il est nommé privat-docent de l’Université de Fribourg-en-Brisgau en 2011, puis professeur associé en 2014. De 2017 à 2021, il occupe les fonctions de médecin adjoint agrégé au service psychiatrique universitaire, responsable des soins intra-hospitaliers, directeur médical du Centre de psychothérapie et membre du Comité de direction du Centre interdisciplinaire de sommeil de Berne.