Abstract Understanding the complex three-dimensional structure of cells is crucial across many disciplines in biology and especially in neuroscience. Here, we introduce a novel 3D self-supervised learning method designed to address the inherent complexity of quantifying cells in 3D volumes, often in cleared neural tissue. We offer a new 3D mesoSPIM dataset and show that CellSeg3D can match state-of-the-art supervised methods. Our contributions are made accessible through a Python package with full GUI integration in napari.
Publication scientifique
CellSeg3D: self-supervised 3D cell segmentation for microscopy
Autres publications de la plateforme
Hypothalamic deep brain stimulation augments walking after spinal cord injury
Cho, Newton; Squair, Jordan W.; Aureli, Viviana; James, Nicholas D.; Bole-Feysot, Léa; Dewany, Inssia; Hankov, Nicolas; Baud, Laetitia; Leonhartsberger, Anna; Sveistyte, Kristina; Skinnider, Michael A.; Gautier, Matthieu; Laskaratos, Achilleas; Galan, Katia; Goubran, Maged; Ravier, Jimmy; Merlos, Frederic; Batti, Laura; Pages, Stéphane; Berard, Nadia; Intering, Nadine; Varescon, Camille; Watrin, Anne; Duguet, Léa; Carda, Stefano; Bartholdi, Kay A.; Hutson, Thomas H.; Kathe, Claudia; Hodara, Michael; Anderson, Mark A.; Draganski, Bogdan; Demesmaeker, Robin; Asboth, Leonie; Barraud, Quentin; Bloch, Jocelyne; Courtine, Grégoire
Nature Medicine
A neuronal architecture underlying autonomic dysreflexia
Soriano, Jan Elaine; Hudelle, Remi; Mahe, Lois; Gautier, Matthieu; Teo, Alan Yue Yang; Skinnider, Michael A.; Laskaratos, Achilleas; Ceto, Steven; Kathe, Claudia; Hutson, Thomas; Charbonneau, Rebecca; Girgis, Fady; Casha, Steve; Rimok, Julien; Tso, Marcus; Larkin-Kaiser, Kelly; Hankov, Nicolas; Gandhi, Aasta; Amir, Suje; Kang, Xiaoyang; Vyza, Yashwanth; Martin-Moraud, Eduardo; Lacour, Stephanie; Demesmaeker, Robin; Asboth, Leonie; Barraud, Quentin; Anderson, Mark A.; Bloch, Jocelyne; Squair, Jordan W.; Phillips, Aaron A.; Courtine, Gregoire
Nature
Dual lineage origins contribute to neocortical astrocyte diversity
Zhou J, Vitali I, Roig-Puiggros S, Javed A, Cantando I, Puglisi M, Bezzi P, Jabaudon D, Mayer C, Bocchi R.
Urolithin A provides cardioprotection and mitochondrial quality enhancement preclinically and improves...
Liu S, Faitg J, Tissot C, Konstantopoulos D, Laws R, Bourdier G, Andreux PA, Davey T, Gallart-Ayala H, Ivanisevic J, Singh A, Rinsch C, Marcinek DJ, D’Amico D.
Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development
Baumann N, Wagener RJ, Javed A, Conti E, Abe P, Lopes A, Sansevrino R, Lavalley A, Magrinelle, E, Szalai T, Fuciec Dm Ferreira C, Fievre S, Fouassier A, D’amico D, Harshnitz O, Jabaudon D
Journal de publication
Auteurs:
Achard, Cyril; Kousi, Timokleia; Frey, Markus; Vidal, Maxime; Paychère, Yves; Hofmann, Colin; Iqbal, Asim; Hausmann, Sebastien B.; Pagès, Stéphane; Mathis, Mackenzie Weygandt
Date de publication:
Plateforme:
Études récentes de la plateforme
Réparer les lésions de la moelle épinière
Cibler les neurones qui rétablissent la marche
À l'aide de la transcriptomique unicellulaire et spécifique à la projection, les scientifiques ont découvert une population...
Restaurer le mouvement après une paralysie
Stimulation électrique de la moëlle épinière
Un réseau d’électrodes implantables, connecté à un stimulateur implanté, délivre des impulsions électriques aux différents nerfs spinaux.
Chaque...
Décoder les ondes de l’activité cérébrale
Comment nous avons identifié le mécanisme
Nous avons utilisé une technique appelée « optogénétique », qui utilise des impulsions lumineuses pour activer sélectivement le locus...
